Am 21.12.2015 veröffentlichte das BMF die finale Fassung seines Schreibens zur Anwendung des § 50i Abs. 2 EStG. Demnach werden die Fälle aus dem Anwendungsbereich des § 50i Abs. 2 EStG herausgenommen, bei denen bereits bislang davon ausgegangen wurde, dass diese dem Sinn und Zweck nach nicht von der Regelung erfasst werden (z. B. reine Inlandsfälle, also ohne Beteiligung ausländischer Gesellschafter).
Allerdings gilt zunächst der Regelfall, dass bei Vorliegen einer sog. 50i-Gesellschaft eine Umwandlung, eine Einbringung, ein Strukturwandel, die unentgeltliche Übertragung eines Mitunternehmeranteils oder einzelner Wirtschaftsgüter unter Ansatz des gemeinen Werts zu erfolgen hat, ungeachtet dessen, ob die beteiligten Steuerpflichtigen in einem DBA-Staat ansässig sind. Somit würde § 50i Abs. 2 EStG auch Übertragungen auf Inländer erfassen. Im Wege von Billigkeitsregelungen werden dann bestimmte Fälle auf Antrag aus dem Anwendungsbereich ausgenommen. Unklar ist dabei, in welcher Form und wann ein solcher Antrag zu stellen sein soll. Aktuell ist jedoch davon auszugehen, dass dieser an keine bestimmte Frist gebunden ist und auch noch nachträglich gestellt werden kann. Damit wären auch Altfälle von dieser Billigkeitsregelung erfasst.
Ein Antrag auf Nichtanwendung des § 50i Abs. 2 EStG ist regelmäßig dann möglich, wenn durch die Übertragung das deutsche Besteuerungsrecht weder hinsichtlich der laufenden Einkünfte noch hinsichtlich eines Veräußerungs- oder Aufgabegewinns ausgeschlossen oder beschränkt wird. Bei der Prüfung einer Beeinträchtigung des deutschen Besteuerungsrechts bleibt in der Regel § 50i EStG unberücksichtigt. Der Antrag ist übereinstimmend vom übertragenden und übernehmenden Rechtsträger zu stellen.
Bei Schenkungen oder Erbfällen greifen die Billigkeitsregelungen nur bei der Übertragung auf natürliche Personen. Insbesondere Übertragungen auf Stiftungen sind damit nicht von der Billigkeitsregelung erfasst, mit der Folge, dass auf diese Vorgänge § 6 Abs. 3 EStG keine Anwendung findet.