Ziel des Abkommens war es, die bilateralen Beziehungen zwischen der Schweiz und der EU zu verbessern und weiterzuentwickeln. Der Abschluss des ersten und zweiten bilateralen Abkommens liegt bereits 20 Jahre zurück, das geltende Freihandelsabkommen ist seit fast 50 Jahren in Kraft. Ohne ein neues Rahmenabkommen ist es jedoch unmöglich, die Beziehung zwischen der EU und der Schweiz zu modernisieren, was eine Schwächung der bestehenden Beziehung zur Folge haben könnte.
Auswirkungen hat der Abbruch der Verhandlungen vor allem auf den Handel mit Medizinprodukten. Die Schweiz ist durch das Abkommen über die gegenseitige Anerkennung (Mutual Recognition Agreement) eng in den Binnenmarkt der EU eingebunden. Dazu zählen die Angleichung der technischen Vorschriften, der Verzicht auf einen Bevollmächtigten und die gegenseitige Anerkennung von Konformitätsbewertungen. Jedoch endeten die bisher geltenden Erleichterungen mit dem Verhandlungsabbruch am 26.05.2021 und dem gleichzeitigen Inkrafttreten einer neuen EU-Verordnung über Medizinprodukte. Ohne ein neues Rahmenabkommen ist eine Aktualisierung des Abkommens über die gegenseitige Anerkennung nicht umsetzbar. Um den Auswirkungen des Auslaufens der Erleichterungen entgegen zu wirken, hat der Schweizer Bundesrat bereits verschiedene Maßnahmen verabschiedet. Dazu gehören u. a. die Benennung eines Bevollmächtigten sowie die Kennzeichnung der Produkte mit seinen Angaben. Auch eine Zertifizierung der Produkte ist nun notwendig. Außerdem bestehen Übergangsfristen, die der Industrie Zeit verschaffen, die neuen Maßnahmen umzusetzen. Diese Maßnahmen sollen vor allem dazu beitragen, dass eine sichere Versorgung der Schweiz mit Medizinprodukten weiterhin gewährleistet wird. Der Handel mit Medizinprodukten zwischen der EU und der Schweiz kann folglich noch immer stattfinden, ist jedoch zukünftig mit signifikantem Mehraufwand verbunden, da die bisherigen, oben genannten Erleichterungen entfallen. Auswirkungen hat dies sowohl für Unternehmen der Schweiz als auch für Unternehmen der EU.
Der freie Handel zwischen der EU und der Schweiz entsprechend des Freihandelsabkommens von 1972 bleibt zwar bestehen. Jedoch werden weitere bestehende Marktzugangsregeln und bilaterale Verträge schrittweise auslaufen - zusätzlich zu der jetzt bereits ausgelaufenen Anerkennung der Medizinprodukte. So werden auch die Handelspartner auf Seiten der EU zukünftig in bestimmten Branchen, wie beispielsweise dem Maschinenbau, erschwerte Bedingungen vorfinden.
Generell könnte der Export von Waren in die Schweiz daher künftig deutlich teurer werden. Auch Störungen in der Lieferkette durch den Wegfall der o. g. Erleichterungen und dadurch erforderliche zusätzliche Maßnahmen sind zu befürchten. Vor allem für kleinere Unternehmen stellt sich zukünftig die Frage, ob ein Export in die Schweiz noch lohnenswert ist. Aktuell ist die Schweiz der viertwichtigste Handelspartner der EU, für die Schweiz ist die EU sogar der wichtigste Handelspartner. Bei einer Verteuerung des Warenverkehrs mit zusätzlichem Mehraufwand in der Abwicklung könnten sich diese Verhältnisse verschieben, hin zu einer Minderung der Relevanz der gegenseitigen Handelsbeziehung. Hier liegt das wirtschaftliche Risiko vor allem bei der Schweiz.