Elektronische Dokumente müssen nach den GoBD (Grundsätze zur ordnungsgemäßen Führung und Aufbewahrung von Büchern, Aufzeichnungen und Unterlagen in elektronischer Form sowie zum Datenzugriff, BMF-Schreiben vom 14.11.2014, BStBl. I 2014, S. 1450) im Originalzustand jederzeit lesbar gemacht werden können und prüfbar sein. Werden die Dokumente bearbeitet oder verändert, z. B. durch das Anbringen von Buchungsvermerken, muss dies protokolliert und mit dem Dokument gespeichert werden. Aus einer entsprechenden Verfahrensdokumentation muss sich ergeben, wie die elektronischen Belege erfasst, empfangen, verarbeitet, ausgegeben und aufbewahrt werden.
Mit Verfügung vom 20.1.2017 (Az. S 0316.1.1-5/3 St42, DStR 2017, S. 547) geht das Bayerische Landesamt für Steuern (BayLfSt) auf die konkrete Anwendung der für Veranlagungszeiträume ab 2014 zu beachtenden GoBD bei Kontierung von elektronisch übermittelten Eingangsrechnungen ein. Anders als beim Papierbeleg müssen demnach Angaben zur Kontierung, zum Ordnungskriterium für die Ablage und zum Buchungsdatum nicht zwingend auf dem Beleg angebracht werden. Es genügt zur Erfüllung der Belegfunktion, wenn der elektronische Beleg mit einem entsprechenden Datensatz elektronisch verbunden wird. Das BayLfSt weist dazu beispielhaft auf die in den GoBD genannten Möglichkeiten der Verwendung eines eindeutigen Indexes oder eines Barcodes hin.