Ein TCMS ist nicht nur als Abwehr- und Exkulpationsmaßnahme, sondern auch als Instrument zur Prozess- und Steueroptimierung zu verstehen. Entscheidend ist daher die Abbildung aller steuerlich relevanten Geschäftsvorgänge. Bei der Implementierung eines TCMS bleibt die Integration von Zöllen jedoch oft unberücksichtigt. Gerade weil Zollprozesse häufig an vielen unterschiedlichen Stellen im Unternehmen aufgehängt sind, sind klare Organisationsstrukturen und Abläufe sowie funktionierende Eskalationsmechanismen für diesen Bereich besonders wichtig. Zölle sind per Definition Steuern im Sinne der Abgabenordnung; ein TCMS ohne den Einbezug von Zöllen kann damit nicht vollständig sein.
Eva Rehberg, Dipl. Finanzwirtin, Leiterin des Geschäftsbereiches Zoll, Außenwirtschaft und Energiesteuer, sowie Claudia Rohe, Steuerberaterin und Director bei Ebner Stolz in Köln, beleuchten in ihrem Aufsatz „Zoll als Teil der Tax Compliance“, der in der AW-Prax 2022, Heft 3 erschienen ist, die Vorteile eines TCMS für Unternehmen und geben insbesondere Empfehlungen, wie Zollprozesse erfolgreich in ein solches System einbezogen werden können.