Laut Urteil des EuGH vom 29.06.2017 (Rs. C-288/16, L.C., HFR 2017, S. 983) ist die Steuerbefreiung für Umsätze aus der Beförderung von Gegenständen in einen Drittstaat nur für Leistungen des Hauptfrachtführers, nicht aber für Leistungen des Unterfrachtführers zu gewähren. Das BMF passte daraufhin die Ausführungen im UStAE zur entsprechenden Steuerbefreiung gemäß § 4 Nr. 3 Buchst. a Doppelbuchst. aa UStG an, räumte den Unternehmern aber mit einer Nichtbeanstandungsregelung mehr Zeit zur Umsetzung ein (BMF-Schreiben vom 06.02.2020, BStBl. I 2020, S. 235). Diese Nichtbeanstandungsregelung wurde mit BMF-Schreiben vom 14.10.2020 (BStBl. I 2020, S. 1015) bis 31.12.2021 verlängert.
Da in der Praxis jedoch Fragen zur Bestimmung des Versenders und Schwierigkeiten bei der Umsetzung der neuen Vorgaben auftraten, konkretisiert das BMF mit Schreiben vom 27.09.2021 (Az. III C 3 - S 7156/19/10002 :006) den Begriff des Versenders (liefernder Unternehmer) und des Empfängers (Abnehmer der Waren) und geht auf Haupt- und Unterfrachtführerkonstellationen ein. In den Fällen, in denen ein Hauptfrachtführer sog. Unterfrachtführer einschaltet, sind Konstellationen denkbar, in denen der Hauptfrachtführer in Bezug auf einzelne Gegenstände selbst Lieferer und damit Versender ist (sog. gemischte Sendungen). Die Steuerbefreiung kommt bei diesen gemischten Sendungen grundsätzlich nur für die Gegenstände in Betracht, für die der Hauptfrachtführer selbst Versender ist, sodass die Leistungen des Unterfrachtführers grundsätzlich in einen steuerpflichtigen und steuerfreien Teil aufzuteilen sind. Zudem normiert das BMF eine Nichtbeanstandungsregelung, wonach es nicht beanstandet wird, wenn diese insgesamt als steuerpflichtig behandelt werden.
Wendet der Hauptfrachtführer die Steuerbefreiung an, muss er die Anwendung der Steuerbefreiung durch geeignete Belege nachweisen, z. B. durch eine beleghafte Erklärung über eine Versendereigenschaft. Stellen sich diese Angaben nachträglich als unzutreffend heraus, kann die Steuerbefreiung u. U. aus Billigkeitsgründen gewährt werden. Wann dies der Fall ist, wird ebenfalls im BMF-Schreiben näher erläutert.